胃肠炎最常见症状是呕吐和腹泻，其他症状包括：腹痛、发热、精神沉郁、食欲减退、体重减轻、脱水。
幼年犬猫多发生急性胃肠炎，急性胃肠炎常引起较严重的呕吐和腹泻，甚至出现吐血、拉血、黑便等症状。容易导致脱水和电解质紊乱，其表现出虚弱、烦渴、少尿或尿色加深、口干、眼球下陷等。
慢性胃肠炎常出现间歇性呕吐和腹泻等症状，早期一般不引起精神和食欲变化，呕吐一般一周到一月一次，部分病例随病程发展呕吐和腹泻症状加剧，逐渐出现厌食和体重减轻。